拼乐高的"基础板": 合成生物学底盘细胞到底是什么?
0923那天在南京江宁的会展中心逛合成生物学展,挤了半天挤到一个不起眼的展位,老板搬个纸箱坐在门口,手里转着个培养皿,见我是做技术的,拽着我聊了半小时。说现在外面全是喊着做合成生物学造新药造材料的,十个里面八个说不清楚自己用的底盘是什么,更不知道好底盘差底盘能差出一个亿的成本差。
合成生物学底盘细胞乐高类比示意图
说白了,底盘细胞要干的活,就是把细胞里所有的能量和物质,都尽量用到你想要的产物上,别自己瞎造一堆没用的副产物,还要能在发酵罐里随便造,耐造、长的快、产量稳,这才叫好底盘。
基因编辑改造大肠杆菌底盘细胞操作图
我见过不少团队,为了一个特定产物,光打磨底盘就磨个三五年,外人看不到,都觉得他们就是改了几个基因,其实哪有那么容易,每敲掉一个基因,都要测几十次生长曲线、代谢速率,敲多了长不起来,敲少了浪费能量,分寸感全在手里的试验数据里。
那些藏在热闹背后的误区和边界
现在合成生物学热,到处都是讲颠覆的,我听过最多的瞎话,就是“我造了全新的底盘细胞,要颠覆整个行业”。实话实说,能用到工业生产上的底盘,就那么几种经过几十年安全验证的,你搞个全新的底盘,性能再好,过不了药品监管的安全评估,过不了食品级的安全认证,谁敢拿来量产卖给用户? 这个门槛,比你改造底盘本身难十倍。
还有一个误区,就是说底盘越“干净”越好,基因敲的越少越棒,把所有非必需基因全敲了,剩下的只够维持生命和生产产物。我之前看过一篇顶刊论文,做了一个最小基因组的大肠杆菌,基因敲了快一半,确实所有能量都用来产目标产物了,结果这家伙分裂一次的时间是正常底盘的三倍,发酵周期从两天变成六天,一个发酵罐一年只能转六十批,原来能转两百批,产量再高也摊不掉时间成本啊。说白了,平衡才是最重要的,不是越极致越好。
还有就是看不见的安全边界。改造过的底盘细胞,万一泄露到自然环境里怎么办?会不会跟野生的细菌交换基因,跑出什么不该有的东西?现在行业里普遍会加一个生物遏制开关,就是让底盘细胞离开工厂特定的培养环境,缺了某一种人工添加的物质,就立刻启动自杀程序,活不了。但话又说回来,生物会突变啊,万一突变出了一个不怕自杀开关的,你说怎么办?这个风险,现在还没人敢说百分之百能兜住。
那天那个南京展位的老板说,他做了十年底盘,前八年连投资都拿不到,所有人都盯着能快速出产品赚快钱的终端,没人愿意投这种做基础设施的,直到去年才拿到第一笔像样的投资。说起来的时候,他捏着那个培养皿,手上的皱纹都在抖,说再熬两年就能出第一个能工业化的酵母底盘了。
你说合成生物学这事儿,哪有那么多一蹴而就的颠覆,都是一帮人蹲在实验室磨看不见的底板,磨出来了,后面的人才能往上搭漂亮的房子。对吧。
你拼过乐高就懂,底盘就是那块搭所有零件的底板
很多人听合成生物学,第一反应就是剪基因拼基因,像搭积木一样拼出个能干活的新细胞。但没人提,你拼积木总得有块固定所有零件的底板吧?这块底板,就是底盘细胞。 原来的野生细胞,就像一个堆满了旧家具的老房子,你要把它改成生产化妆品原料的工厂,总得先把没用的旧家具砸了、承重墙加固、多余的门窗封上,腾出干净的空间放你自己的生产线对吧?改造完的这个空房子,就是底盘细胞。 不是说随便找个细胞剪两刀就能当底盘。我刚入行的时候做过傻事,把一个生产胡萝卜素的基因片段直接插到野生大肠杆菌里,摇瓶摇了三天,出来的产物少的测都测不到,后来换了一个敲掉了所有冗余代谢路径的商业化底盘,产量直接翻了12倍。我当时蹲在发酵室门口,盯着摇床转了半小时,说原来钱都砸在看不见的地方了。
合成生物学底盘细胞乐高类比示意图
说白了,底盘细胞要干的活,就是把细胞里所有的能量和物质,都尽量用到你想要的产物上,别自己瞎造一堆没用的副产物,还要能在发酵罐里随便造,耐造、长的快、产量稳,这才叫好底盘。
为什么现在底盘细胞成了绕不开的坎?
早年做合成生物学,大家都是拿现成的野生菌改一改对付用,反正实验室做小试,出来东西就行,没人计较成本。现在不一样了,要大规模工业化生产,要跟石化原料拼成本,一点点效率差,放大到几十吨的发酵罐里,就是几百万上千万的利润差。 举个例子,现在做可降解塑料PHA,很多创业公司都盯着,原来用普通大肠杆菌底盘做,发酵出来副产物比PHA还多,提纯一吨PHA花的钱,比卖一吨PHA赚的还多,根本没法量产。后来有团队把大肠杆菌底盘里二十多个跟PHA竞争底物的代谢路径全敲了,又加了几个稳定质粒的元件,副产物直接降了九成,生产成本直接砍到原来的三分之一,这才能跟传统塑料抢市场。 不过话说回来,现在根本没有通用底盘。你要生产小分子脂肪酸,就得要细胞膜大、脂代谢强的底盘;你要生产重组蛋白药物,就得要蛋白酶系稳定、不把你的产物降解了的底盘;你要做食品级的原料,还得用本身就被吃了几百年的安全底盘,不是一个大肠杆菌能走天下的。
基因编辑改造大肠杆菌底盘细胞操作图
我见过不少团队,为了一个特定产物,光打磨底盘就磨个三五年,外人看不到,都觉得他们就是改了几个基因,其实哪有那么容易,每敲掉一个基因,都要测几十次生长曲线、代谢速率,敲多了长不起来,敲少了浪费能量,分寸感全在手里的试验数据里。
那些藏在热闹背后的误区和边界
那些藏在热闹背后的误区和边界
现在合成生物学热,到处都是讲颠覆的,我听过最多的瞎话,就是“我造了全新的底盘细胞,要颠覆整个行业”。实话实说,能用到工业生产上的底盘,就那么几种经过几十年安全验证的,你搞个全新的底盘,性能再好,过不了药品监管的安全评估,过不了食品级的安全认证,谁敢拿来量产卖给用户? 这个门槛,比你改造底盘本身难十倍。
还有一个误区,就是说底盘越“干净”越好,基因敲的越少越棒,把所有非必需基因全敲了,剩下的只够维持生命和生产产物。我之前看过一篇顶刊论文,做了一个最小基因组的大肠杆菌,基因敲了快一半,确实所有能量都用来产目标产物了,结果这家伙分裂一次的时间是正常底盘的三倍,发酵周期从两天变成六天,一个发酵罐一年只能转六十批,原来能转两百批,产量再高也摊不掉时间成本啊。说白了,平衡才是最重要的,不是越极致越好。
还有就是看不见的安全边界。改造过的底盘细胞,万一泄露到自然环境里怎么办?会不会跟野生的细菌交换基因,跑出什么不该有的东西?现在行业里普遍会加一个生物遏制开关,就是让底盘细胞离开工厂特定的培养环境,缺了某一种人工添加的物质,就立刻启动自杀程序,活不了。但话又说回来,生物会突变啊,万一突变出了一个不怕自杀开关的,你说怎么办?这个风险,现在还没人敢说百分之百能兜住。
那天那个南京展位的老板说,他做了十年底盘,前八年连投资都拿不到,所有人都盯着能快速出产品赚快钱的终端,没人愿意投这种做基础设施的,直到去年才拿到第一笔像样的投资。说起来的时候,他捏着那个培养皿,手上的皱纹都在抖,说再熬两年就能出第一个能工业化的酵母底盘了。
你说合成生物学这事儿,哪有那么多一蹴而就的颠覆,都是一帮人蹲在实验室磨看不见的底板,磨出来了,后面的人才能往上搭漂亮的房子。对吧。